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La grande cour, de 135 mètres sur 113, était entourée de portiques dont on aperçoit quelques colonnes en granite rose. Elle accueillait les pèlerins qui n’étaient pas autorisés à entrer dans le grand temple. En son centre subsistent deux bassins ornés de bas-reliefs richement décorés de guirlandes et de Néréides. Ils étaient destinés aux ablutions. Quand Théodose interdit les cultes païens en 391 après J.-C., une basilique en l'honneur de sainte Barbe fut construite sur l'emplacement de la cour.